美国专利商标局常见的审查意见包括与在先商标存在混淆可能性 (likelihood of confusion)、使用证据样本(specimen)不规范等复杂问题，也可能包括商品描述不规范、形式不符合标准等比较容易克服的问题。
最常见和最难克服的审查意见就是申请商标与在先商标存在消费者或社会公众混淆的可能性。美国专利商标局在商标注册的审查中使用 ”杜邦Dupont” 案中提出的13个判断要素，包括：商标的相似性、商品或服务的性质及相似性、贸易渠道、消费者的购买环境、在先商标的知名度、实际混淆的程度、市场的交叉可能性等等。答复混淆可能性的审查意见需要花费较多的时间搜集证据和撰写。律师可以论证不存在混淆可能性，也可以根据引证商标的状态和注册纪录来寻找线索，尽可能发现不存在混淆可能性的证据。
使用证据样本不规范，也是今年商标被驳回或下发审查意见的常见理由。证据样本需要体现消费者在实际消费情境中看到的商标，不能是设计图或电子合成图，如果提交给商标局的图片上的商标是PS上去的，而非真正出现在商品或者服务上的商标，此种举动等于是欺瞒了商标局，商标局有权以此为理由驳回商标的注册。
申请人有六个月的时间来答复审查意见。如果审查员认可申请人的答复，则商标会进入公告阶段；如果审查员维持自己的驳回意见，则会下发最终审查意见，申请人可以选择继续在六个月内答复，提交证据来说服审查员，也可以向商标审理与上诉委员会（TTAB）提起上诉，甚至可以两种选择同时进行。